Selçuklu Devleti dağıldıktan sonra Sahipata Beyliği sınırları içinde kalan Karakaya Köyü Anadolu Erenlerinin kurduğu ilk yerleşim yerlerinden birisidir. Köy Kavruklar Keserler ve Veliler olmak üzere 3 mahalleden oluşmaktadır.
İscehisar ilçesine bağlı Karakaya köyünün Kavruklar ve Keserler mahallelerinde Bizanslılar dönemine ait barınmak için yapılmış kaya yerleşimleri ve kaya mezar odaları bulunmaktadır
Afyonkarahisar ilinin merkezine 30 km ilçemize 9 km uzaklıktadır. Köyün iklimi, karasal iklim etki alanı içerisindedir. Köyün ekonomisi tarım,hayvancılığa ve mermer işçiliğine dayalıdır. Aynı zamanda ilçede bulunan mermer fabrikalarındada oldukça fazla işçi çalışmaktadır. Köyde, ilkokul ve orta okul vardır. Köyün içme suyu şebekesi, kanalizasyon şebekesi vardır.Köye ulaşımı sağlayan yol asfalt olup köyde elektrik ve sabit telefon vardır. 370 Kadın ve 376 Erkek olmak üzere 746 nüfusa sahiptir.